中医药系属于学院二级教育教学单位，设立于2006年。中医药系党团组织设有党总支及团总支，党总支下设3个党支部、团总支下设各班团支部。系行政部门有系办公室、系教务科、系学生科。目前设有中药资源、中药鉴定、中医基础、中医临床4个教研室；现有学生560（本科中药学专业学生480，专科学生80）人。

中医药系拥有一支富有朝气的教学队伍，现有专任教师20人，外聘教师4人；行政管理人员6人，专职辅导员3人。其中教授2人、副教授8人，中级职称7人，助教3人；博士2人，硕士13人，“双师型”教师15人。中医药系教师积极承担科研项目、参编教材，多人荣获国家、省、市、学院奖励。

2016年中药学教学团队被评为省级“教学团队”；2020年中医药系荣获甘肃省人社厅、卫生健康委员会颁发的“全省中医药工作先进集体”荣誉称号。

中医药系现设有中药学本科（含专升本）专业。《药用植物学》为省级线下一流课程，《中药鉴定学》为校级课程思政示范课程；《中医基础理论》《中医诊断学》校级精品课程。以中医学团队为主，承担全国执业医师实践技能考试中医类考试基地执考工作及基地考官培训工作；以中药学团队为主，承担第四次全国中药资源普查工作。

学院通过资源整合，组建了中医药系实验中心，建有中医实验实训室、中药实验室（含大学生创新创业实验室、虚拟仿真实验室）；建成了具有地域特色的中药标本馆，满足了教学科研及大学生创新创业需求。另外建有国家级医师资格考试中医类别实践技能考试基地。

中医药系始终坚持以人为本，以学生为中心，以就业为导向，坚持基于岗位胜任力指导下的应用型人才培养理念，不断加强师资队伍建设，改善办学条件，加大教学改革力度，着力提高教学质量，注重学生专业基本理论和基本技能的教育和训练，切实强化实践性教学环节，提高教学质量。办学过程中密切关注社会对人才需求和社会用人机制的变化，主动适应社会需求，加强学生诚信教育和综合素质培养，积极探索提高学生就业能力和提升学生就业质量的办学思路。根据社会对人才能力和技能的要求，积极开展与医疗机构、医药企业的合作办学，已与本省市及新疆、广东等全国多家制药企业、医院、药检所、第三方检测机构等建立了长期的合作关系，为实践教学及人才培养和学生实习、就业提供了广阔平台，力争为社会输送更多高素质应用型中药学人才。